Zbirke sisavaca (Teriološke ili Mamološke; Mammalia) sadrže 8.200 primjeraka, inventarizirano je 70%, a sadrže značajne zbirke sitnih sisavaca, glodavaca (Rodentia) i kukcojeda (Insectivora) Hrvatske, te ugrožene skupine šišmiša (Chiroptera).

Zbirke ptica (Ornitološka; Aves) imaju 8.000 primjeraka, inventarizirano 90%. Sadrže gotovo kompletnu ornitofaunu Hrvatske, značajne su povijesna donacija M. Barača iz okolice Rijeke, te Zbirka kustosa K. Igalffyja.


Zbirka ptičjih jaja (Oološka) sadrži 1.355 jaja, cijela je inventarizirana.

Zbirke vodozemaca i gmazova (Herpetološke; Amphibia i Reptilia) s najmanje oko 6.000 primjeraka, upravo se inventarizira.


Zbirke riba i paklara (Ihtiološka) imaju 7.400 primjeraka, inventarizirano 80%; uključujući značajne zbirke morskih riba T. Šoljana po kojima je napisao prvi ključ za determinaciju, te otkupljenu zbirku P. Zupančića koja sadrži endemične ribe kraških vodotoka Dinarida, uglavnom iz skupine šaranki (Cyprinidae) s više tipova vrsta.

Zbirke kornjaša (Coleoptera) s ukupno 226.000 primjeraka (inventarizirano 12.500) sadrže značajne zbirke Geiger, Igalffy, Koča, Korlević, Kozulić (Bosiljevo), Mikšić, Novak, Onsea, Redenšek, Schlosser, Weingärtner.
Zbirke špiljskih kornjaša (Coleoptera cavatica: zbirka Jalžić) s oko 3.000 primjeraka, reprezentativne su za Hrvatsku, sadrže više tipova endemičnih svojti.



Zbirke leptira (Lepidoptera) s 86.300 primjeraka (inventarizirano 49.000), u kojoj su najznačajnije zbirke Lorković (40.000), Locke, Koča, Gušić, Grund, Taborsky, Novak, Geiger, Kozulić, Igalffy, Redenšek, Maretić, Rucner; Igalffy, Mladinov, Vajdić

Zbirke opnokrilaca (Hymenoptera) s 42.900 primjeraka (inventarizirano 14.000); u kojima su najznačajnije zbirke Korlević, Perović.

Zbirke dvokrilaca (Diptera) sadrže 17.300 primjeraka, najznačajnija zbirka je A. Langoffera.

Zbirke raznokrilaca (Heteroptera) ima 10.800 primjeraka.

Zbirke ravnokrilaca (Orthoptera) čuva 4.000 primjeraka.

Zbirke tulara (Trichoptera) ima 16.000 primjeraka, a najznačajnije zbirke su M. Kučinić, F. Perović.

Zbirke ostalih kukaca (jednakokrilaca, ravnokrilaca, vodencvjetova, vretenaca, mrežokrilaca, te uzoraka kečera) sastoji se od oko 69.000 primjeraka.

Opća malakološka zbirka sadrži 380.000 primjeraka (inventarizirano 97.375); posljednjih desetak godina značajno je upotpunjana sustavnim istraživanjem kustosice V. Štamol, uglavnom kopnenih puževa s jadranskih otoka.

Zbirka Spiridona Brusine ima 118.716 primjeraka (cijela je inventarizirana); sadrži još i starije zbirke malakologa amatera iz Dalmacije iz XIX. stoljeća.

Zbirka Ljudevita Rossija ima 25.000 primjeraka (inventarizirano 12.263).

Zbirka starih mekušaca sadrži oko 150.000 primjeraka.

Zbirka glavonožaca ima 998 primjeraka (cijela je inventarizirana).

Zbirka rakova (Crustacea) ima oko 10.000 primjeraka.

Zbirka paukova (Araneae)ima 11.210 primjeraka i cijela je inventarizirana.

Zbirka dvojenoga (Diplopoda)sadrži 3.213 primjeraka (cijela je inventarizirana).

Raznih drugih skupina beskralježnjaka ima u više zbirki, ukupno 16.150.

Zbirka morskih beskralježnjaka Gamulin-Bride od oko 1.800 primjeraka inventarizirana je u cijelosti.

Biospeleološka zbirka vlasništvo je HBSD, na trajnom je čuvanju i sadrži oko 13.000 primjeraka.

Sakupljanje materijala započelo je 1996. tijekom znanstveno-istraživačkog projekta „Fauna jadranskih otoka“, a zbirka je ustrojena godine 2005.

Uzorci su trajno pohranjeni u ultrahladnjaku, gdje su zamrznuti na oko -70° C. Većina od preko 350 uzoraka odnosi se na endemične gušterice jadranske obale i otoka, morske kornjače te novootkrivene vrste šišmiša.