Temeljem Zakona o muzejima i Pravilnika o načinu i mjerilima za povezivanje u Sustav muzeja Republike Hrvatske Hrvatski prirodoslovni muzej matična je ustanova za za prirodoslovlje u Republici Hrvatskoj.

Ravnateljica muzeja, prof. dr. sc. Tatjana Vlahović, članica je Vijeća Sustava muzeja, a dr. sc. Irena Grbac, muzejska savjetnica, matičarka je prve razine.

Iz Pravilnika izdvajamo:
Nositelji provedbe matične djelatnosti prve razine za muzeje i muzeje na otvorenom su specijalizirani matični muzeji:
Za prirodoslovne muzeje - Hrvatski prirodoslovni muzej, Zagreb

Matična djelatnost obuhvaća:

– stručno-savjetodavnu pomoć muzejima i drugim vlasnicima muzejskih zbirki i muzejske građe

– unaprjeđenje stručnoga rada u muzejima i podizanje razine zaštite i očuvanja muzejske građe

– usklađivanje rada i razvitka muzeja i koordinacije rada u Sustavu muzeja

– stručni nadzor nad radom muzeja

– druge poslove sukladno Zakonu o muzejima.