Hrvatski prirodoslovni muzej je nacionalni centar i matična ustanova za prikupljanje, čuvanje, zaštitu, prezentaciju i znanstvenu obradu prirodoslovne muzejske građe. U muzejskim zoološkim, botaničkim, geološkim i mineraloškim zbirkama pohranjeno je oko 1,5 milijuna predmeta. Posebnu vrijednost muzeja predstavlja 160 godina duga tradicija znanstvenih istraživanja prirodne baštine.

Muzej posjeduje i bogatu knjižnicu te izdaje znanstveno-stručni časopis Natura Croatica indeksiran u brojnim svjetskim citatnim bazama.

Bogatstvo prirodoslovne građe, brojne tematske izložbe i radionice, znanstvena i stručna istraživanja kao i veliki broj visoko obrazovanih djelatnika iz različitih prirodoslovnih struka čine ga jednom od ključnih ustanova prirodoslovlja i edukativnim centrom za prirodoslovlje.

Vizija ustanove je istražena, vrednovana i zaštićena prirodna i kulturna baština Hrvatske, a misija Hrvatskoga prirodoslovnog muzeja je prikupljanje, čuvanje, zaštita, prezentacija i obrada prirodoslovne muzejske građe, edukacija i popularizacija prirodoslovlja te znanstvena istraživanja u funkciji vrednovanja i zaštite prirodne baštine Hrvatske.